La Chautagne se situe à la confluence du Val du Bourget et de la Vallée du Rhône.
Dans le prolongement du lac du Bourget, la côte, qui regarde à l'ouest, abrite les villages et le vignoble.
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Elle est la retombée anticlinale de la montagne du Gros Foug, chaînon jurassien homologue, au nord-est, de la montagne du Chat.
Le Val du Fier, au nord, sépare le vignoble de Seyssel de celui de Chautagne, qui s'étire du nord au sud, sur une quinzaine de kilomètres, jusqu'au lac du Bourget.